মোহনবাগান ও এটিকে সংযুক্তির পরেও মোহনবাগান অ্যাথলেটিক ক্লাবের প্রশাসনিক কাঠামোয় রদবদল হচ্ছে না। ক্লাব ও ফুটবল টিম চালনা করবে দুটি ভিন্ন বডি। ক্লাবের নিজস্ব অফিস বেয়ারাররা থাকবেন, প্রতি তিন বছর অন্তর তার নির্বাচন হবে। ক্রিকেটের মত অন্য স্পোর্টস বডির সঙ্গে তার যোগও থাকবে।
১৯৯৮ সাল থেকে মোহনবাগান ইউবি গোষ্ঠীর সঙ্গে ৫০-৫০ শেয়ারহোল্ডিং পার্টনারশিপে প্রবেশ করেছিল। ক্লাবের ফুটবল টিম চালাত ওই সংস্থাই। তখন নাম ছিল ইউনাইটেড মোহনবাগান প্রাইভেট লিমিটেড। ইউবি গোষ্ঠীর হাত ছাড়ার পর সংস্থার নাম হয় মোহনবাগান ফুটবল ক্লাব (ইন্ডিয়া) প্রাইভেট লিমিটেড। ক্লাবই কোম্পানির ডিরেক্টরদের মনোনয়ন করে।
আধুনিক জগতে ফুটবল ক্লাবগুলি সারা পৃথিবীতে এভাবেই চলে। মোহনবাগান এটিকে সংযুক্তির পর, একটি নতুন সংস্থা তৈরি হবে। ওই সংস্থার ৮০ শতাংশ শেয়ার থাকবে আরপি-সঞ্জীব গোয়েঙ্কা গোষ্ঠীর হাতে। মোহনবাগান ফুটবল ক্লাব (ইন্ডিয়া) প্রাইভেট লিমিটেডের হাতে থাকবে মাত্র ২০ শতাংশ শেয়ার। ইউবি গোষ্ঠীর সময়ের সঙ্গে একটা বড় তফাৎ হল, আরপিএসজি গোষ্ঠী যেসব ডিরেক্টরদের মনোনীত করবে তাঁদের সংখ্যা মোহনবাগানের ডিরেক্টরদের থেকে বেশি হবে। তবে ক্লাবের মাঠ, ড্রেসিং রুম বা মোহনবাগান অ্যাথলেটিক ক্লাবের সঙ্গে যুক্ত কোনও ব্যাপারে নতুন সংস্থার কোনওরকম নিয়ন্ত্রণ থাকবে না। ক্লাবের একজিকিউটিভ কমিটিই এসবের দায়িত্বে থাকবে।